在使用中，樣品室的污染是經常會遇到的，如不采取必要的措施，會直埴接影響到測試的正常進行，嚴重的情況甚至會造成儀器損壞，所以需要特別注意保護樣品室不受樣品污染。通常來說，需要注意的污染源如下。
(1)固體污染 主要是粉末污染，例如，高發光效率的發光粉末落在樣品室，如果測量弱發光樣品的時候就會干擾測試，需要特別留意。夾好的樣品放人前，用洗耳球吹一下，可以減少灑落。
(2)液體污染 在取放樣品時樣品池中的液體若不小心濺到樣品室里，要及時進行清洗。
(3)氣體污染 具有腐蝕性的酸性氣體，對于光學元件的污染是不可逆的，直接影響到儀器的使用壽命。在測試此類氣體時，樣品室需要和周邊的光學元件隔離，采用光學窗口保證測試正常進行。比如日立儀器公司生產的熒光儀其機型設計就是隔離式的，而愛丁堡儀器公司生產的熒光儀機型設計屬于開放式，就不用來測此類樣品。
(4)指紋污染 當狹縫開到比較大的時候，留在樣品倉上的指紋、汗液可能會發光，影響測試，請在測試時戴上手套。
(5)水汽污染 做液氮低溫或變溫低溫時，會導致窗口表面水汽凝結，影響測量數據，可以用于燥空氣或氮氣吹掃樣品倉，驅走水汽。
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